Atelier 7
Atelier intégré Cytométrie & IRM préclinique : de la cellule à l’image in vivo
Co-animateurs : Dr Alan COURTEAU (IFTIM, ICMUB - UMR CNRS 6302 - IMATHERA, Centre Georges-François Leclerc, CGFL), Dr Alexandre DIAS (RITM, ICMUB - UMR CNRS 6302 - IMATHERA) et Dr Bertrand COLLIN (RITM, ICMUB - UMR CNRS 6302 - IMATHERA - Contact : bertrand.collin@ubourgogne.fr)
Contexte et philosophie :
La cytométrie multiparamétrique et l’imagerie préclinique in vivo sont deux approches
complémentaires pour déchiffrer les mécanismes biologiques et évaluer la réponse
thérapeutique. L’objectif de cet atelier est de montrer, à travers une étude de cas fil rouge,
comment des biomarqueurs identifiés in vitro / ex vivo par cytométrie peuvent guider et
enrichir la quantification d’images TEP-IRM acquises sur un système TEPIRM 7 T (mode IRM
seul). Les participant·e·s parcourront l’ensemble du workflow — de la dissociation tumorale
à l’interprétation multimodale des données — afin d’acquérir une vision intégrée « de la
cellule à l’Animal ».
Objectifs pédagogiques :
À l’issue de l’atelier, les participant·e·s seront capables :
- 1. D’identifier des biomarqueurs cellulaires d’intérêt par cytométrie (exemple : infiltration immunitaire d’une tumeur syngénique).
- 2. De concevoir une stratégie d’imagerie TEP-IRM corrélée (dont conception d’un vecteur d’imagerie moléculaire pour la TEP et sélection de séquences IRM d’intérêt en oncologie) pour suivre l’évolution tumorale.
- 3. De mettre en œuvre les étapes clés de la préparation animale, de l’acquisition IRM haute résolution (7 T) et du posttraitement (VivoQuant®). N.B : pour faciliter l’atelier, nous n’utiliserons pas de radioactivité.
- 4. D’intégrer quantitativement les données cytométriques et les paramètres d’imagerie pour une interprétation biologique consolidée.
Étude de cas fil rouge
Modèle choisi : souris porteuses de tumeurs (en fonction des modèles qui seront en cours d’étude sur la plateforme IMATHERA).
Question biologique : étude de l’expression de la cible en cytométrie in vitro / ex vivo associé à son suivi en imagerie TEP-IRM (évolution temporo-spatiale).
Les participant·e·s visualiseront des jeux de données réelles : fichier FCS (cytométrie) & d’imagerie (DICOM). La séquence pratique illustre la chaîne complète de décision : identification du biomarqueur → choix du workflow d’imagerie TEP-IRM → mesures longitudinales → validations ex vivo.
Déroulé chronologique (4h30)
13h30–14h00 - Introduction :
Présentation globale, rappel des principes de la cytométrie multiparamétrique et la TEP-IRM ; enjeux des couplages in vitro / in vivo / ex vivo -
Alan COURTEAU, Alexandre DIAS & Bertrand COLLIN
14h00-15h20 - Bloc 1 – Cytométrie appliquée :
Démo sur fichier FCS : compensations, gating
hiérarchique (CytExpert®) des populations
attendues • Quantifications • Discussion sur la
sélection de biomarqueurs compatibles avec
l’imagerie - Alexandre DIAS
15h20-15:30 - Pause
15h30-17h00 - Bloc 2 – (TEP)-IRM préclinique
Rappel des contraintes physiologiques (anesthésie
isoflurane, monitoring) • Préparation et
positionnement souris • Acquisition live d’une
séquence IRM.• Reconstruction et visualisation
dans VivoQuant® ; segmentation semiautomatique
de la tumeur ; extraction du signal T2 moyen - Alan COURTEAU, Alexandre DIAS & Bertrand COLLIN
17h00-17h40 - Bloc 3 – Fusion et analyse intégrée :
Introduction au data management en cytométrie
et TEP-IMR • Discussion sur les limites
(hétérogénéité, spatial mismatch) - Alan COURTEAU, Alexandre DIAS
17h40-18h00 - Conclusion & Q/R :
Bilan des acquis ; perspectives cliniques ; ressources
bibliographiques - Alan COURTEAU, Alexandre DIAS & Bertrand COLLIN
Ressources matérielles
- Cytomètre : Cytoflex Beckman-Coulter.
- Imageur : TEPIRM 7 T DryMag* (MR Solutions) – utilisation IRM seule (pas d’injection de radioactivité pour simplifier la séance).
- Logiciels : CytExpert®, VivoQuant®, Excel®, GraphPad®.
- Matériel animalerie : système d’anesthésie isoflurane Minerve (induction, entretien), lits d’imagerie.
Points clés de conformité éthique
- Les animaux seront intégrés dans des projets autorisés pour la plateforme IMATHERA. Démonstrations réalisées sous anesthésie générale isoflurane 4% induction / 1,5 % entretien). Respect des 3R : réduction du nombre d’animaux via approche intégrée cytométrieimagerie.
Livrables pour les participant·e·s
- Jeu de données FCS + DICOM.
- Appropriation d’un workflow cytométrie en flux → TEP-IRM.
Nombre de participant(e)s : 6 maximum.
Public concerné :
Doctorant·e·s, postdoctorant·e·s, enseignant·e·s, chercheur·e·s souhaitant intégrer la cytométrie et l’imagerie multimodale dans leurs projets translationnels.
Pré‐requis des candidat(e)s :
Notions de cytométrie en flux (gating de base) et notions de base en
biophysique/imagerie/traitement d’image (des rappels seront réalisés).
Contact pour questions préatelier : bertrand.collin@ubourgogne.fr
Lieu :
Plateforme d’imagerie préclinique IMATHERA
Centre Georges-François Leclerc
1 rue du Pr Marion - 21000 Dijon