AFC 2025

25-28 novembre 2025 - Palais des Congrès de Dijon, France

Bandeau - AFC 2025

Atelier 7

Atelier intégré Cytométrie & IRM préclinique : de la cellule à l’image in vivo

Co-animateurs : Dr Alan COURTEAU (IFTIM, ICMUB - UMR CNRS 6302 - IMATHERA, Centre Georges-François Leclerc, CGFL), Dr Alexandre DIAS (RITM, ICMUB - UMR CNRS 6302 - IMATHERA) et Dr Bertrand COLLIN (RITM, ICMUB - UMR CNRS 6302 - IMATHERA - Contact : bertrand.collin@ubourgogne.fr)

Contexte et philosophie :
La cytométrie multiparamétrique et l’imagerie préclinique in vivo sont deux approches complémentaires pour déchiffrer les mécanismes biologiques et évaluer la réponse thérapeutique. L’objectif de cet atelier est de montrer, à travers une étude de cas fil rouge, comment des biomarqueurs identifiés in vitro / ex vivo par cytométrie peuvent guider et enrichir la quantification d’images TEP-IRM acquises sur un système TEPIRM 7 T (mode IRM seul). Les participant·e·s parcourront l’ensemble du workflow — de la dissociation tumorale à l’interprétation multimodale des données — afin d’acquérir une vision intégrée « de la cellule à l’Animal ».

Objectifs pédagogiques :
À l’issue de l’atelier, les participant·e·s seront capables :


Étude de cas fil rouge

Modèle choisi : souris porteuses de tumeurs (en fonction des modèles qui seront en cours d’étude sur la plateforme IMATHERA).

Question biologique : étude de l’expression de la cible en cytométrie in vitro / ex vivo associé à son suivi en imagerie TEP-IRM (évolution temporo-spatiale).

Les participant·e·s visualiseront des jeux de données réelles : fichier FCS (cytométrie) & d’imagerie (DICOM). La séquence pratique illustre la chaîne complète de décision : identification du biomarqueur → choix du workflow d’imagerie TEP-IRM → mesures longitudinales → validations ex vivo.


Déroulé chronologique (4h30)

13h30–14h00 - Introduction :
Présentation globale, rappel des principes de la cytométrie multiparamétrique et la TEP-IRM ; enjeux des couplages in vitro / in vivo / ex vivo - Alan COURTEAU, Alexandre DIAS & Bertrand COLLIN

14h00-15h20 - Bloc 1 – Cytométrie appliquée :
Démo sur fichier FCS : compensations, gating hiérarchique (CytExpert®) des populations attendues • Quantifications • Discussion sur la sélection de biomarqueurs compatibles avec l’imagerie - Alexandre DIAS

15h20-15:30 - Pause

15h30-17h00 - Bloc 2 – (TEP)-IRM préclinique
Rappel des contraintes physiologiques (anesthésie isoflurane, monitoring) • Préparation et positionnement souris • Acquisition live d’une séquence IRM.• Reconstruction et visualisation dans VivoQuant® ; segmentation semiautomatique de la tumeur ; extraction du signal T2 moyen - Alan COURTEAU, Alexandre DIAS & Bertrand COLLIN

17h00-17h40 - Bloc 3 – Fusion et analyse intégrée :
Introduction au data management en cytométrie et TEP-IMR • Discussion sur les limites (hétérogénéité, spatial mismatch) - Alan COURTEAU, Alexandre DIAS

17h40-18h00 - Conclusion & Q/R :
Bilan des acquis ; perspectives cliniques ; ressources bibliographiques - Alan COURTEAU, Alexandre DIAS & Bertrand COLLIN


Ressources matérielles

Points clés de conformité éthique

Livrables pour les participant·e·s


Nombre de participant(e)s : 6 maximum.

Public concerné :
Doctorant·e·s, postdoctorant·e·s, enseignant·e·s, chercheur·e·s souhaitant intégrer la cytométrie et l’imagerie multimodale dans leurs projets translationnels.

Pré‐requis des candidat(e)s :
Notions de cytométrie en flux (gating de base) et notions de base en biophysique/imagerie/traitement d’image (des rappels seront réalisés).

Contact pour questions préatelier : bertrand.collin@ubourgogne.fr

Lieu :
Plateforme d’imagerie préclinique IMATHERA
Centre Georges-François Leclerc
1 rue du Pr Marion - 21000 Dijon


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