Atelier 5
Analyse de données - Cytométrie Image, Masse, Flux (Solutions Open Source)
Co-animatrices : Jacqueline Marvel (Lyon), Helena Todorov (Lyon) et Sofie Van Gassen (Gent, Belgique)
The aim of this workshop is to introduce the participants to computational cytometry techniques. We will discuss how to set up a pipeline in the R programming language, including key steps such as data preprocessing and transformation, automated identification of cell populations with the FlowSOM algorithm and differential analysis of sample groups. No previous R knowledge is assumed.
Ce workshop a pour but de permettre aux participants de s’approprier certaines techniques d’analyse automatisée de données de cytométrie. Nous présenterons un pipeline d’analyse dans le langage de programmation R, qui inclura des étapes clefs telles que le preprocessing et la transformation des données, l’identification automatisée de populations avec l’outil FlowSOM ainsi que l’analyse différentielle de groupes d’échantillons. La connaissance du langage de programmation R n’est pas un pré-requis.