JT AFC-SFM 06-2018

Lundi 4 juin 2018, Faculté de Médecine Henri Warembourg - Pôle Recherche , Lille

Bandeau - JT AFC-SFM 06-2018

Lundi 4 juin

Cytométrie appliquée à la microbiologie

Intervenants : Marielle Bouix (AgroParisTech), Pierre Burguiere (AMARS)

09:15-09:45

Arrivée & Bienvenue

Bases de la cytométrie en microbiologie (Présentation théorique)

09:45-10:15

Principe de la cytométrie en flux
Applications, contraintes et intérêts en microbiologie


10:15-11:15

Dénombrement des microorganismes

  • Dénombrement des cellules totales sans marquage
  • Dénombrement des cellules viables (cFDA) : principe, méthode
  • Dénombrement des cellules mortes (IP) : principe, méthode
  • Dénombrement simultané cellules viables & mortes (cFDA/IP, SYTO9/IP) : principe, méthode
11:15-11:45

Pause café

11:45-12:45

Applications

  • Préparation spécifique d’échantillon
  • Dénombrement des levures : jus de fruit, vin, yaourt
  • Dénombrement des LAB : ferment (norme ISO)
  • Dénombrement en mout industriel non alimentaire
12:45-14:00

Déjeuner

Cytométrie avancée : détection spécifique et fonctionnalités (Présentation théorique)

14:00-15:30

Détection spécifique

  • FISH : principe, avantages & inconvénients, exemple
    (1 : contaminant présence/absence - 2 : microbiote & abondance)
  • Anticorps : principe, avantages & inconvénients, exemple, couplage viabilité/spécificité
  • GFP
15:30-16:00

Pause café

16:00-17:30

Physiologie et Fonctionnalités microbiennes

  • Intérêt de l’évaluation de fonctionnalités cellulaires
  • Vitalité
  • Potentiel membranaire
  • Fluidité membranaire
  • pH intracellulaire