Mercredi 24 septembre
6e Forum “Carrières en Microbiologie” pour les jeunes microbiologistes
Espace Pluriel - RdC
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Déjeuner du Forum “Carrières en Microbiologie”
Session accessible seulement sur inscription spécifique préalable
Symposium Grippe et Virus respiratoires
Salle E1/E2 - 1er étage
Les virus respiratoires à l’ère de l’innovation : défis et avancées
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Accueil : 
Bruno LINA
Session 1
- Circulation des virus respiratoires en 2024-2025 : une épidémie de grippe hors norme ?
Sibylle BERNARD-STOECKLIN (Santé publique France) &
Antonin BAL (CNR virus des infections respiratoires, Lyon) - Point de situation grippe H5
Marie-Anne RAMEIX-WELTI (CNR virus des infections respiratoires, Paris)
Session 2 - Innovations du côté de la surveillance et de l’analyse
- Vers de nouveaux modes de surveillance
Bruno COIGNARD (Santé publique France) - Intelligence artificielle pour la modélisation des épidémies
Mircea SOFONEA (Université de Montpellier)
Espace Pluriel - RdCDéjeuner du Symposium Grippe et Virus respiratoires
Session 3 - Innovations technologiques et diagnostiques
- Place de la réponse immunitaire dans le diagnostic des infections respiratoires virales
Sophie TROUILLET-ASSANT (Centre International de Recherche en Infectiologie) - Place du séquençage sans à priori dans le diagnostic des infections respiratoires virales
Maud SALMONA (Virologie, Hôpital Saint-Louis APHP, Paris) &
Grégory DESTRAS (Hospices Civils de Lyon) - Mise en place du séquençage des virus influenza à l’hôpital : retour d’expérience de trois centres utilisant différentes technologies de séquençage
Alice MOISAN (Virologie, CHU Rouen),
Camille VELLAS (Virologie, CHU Toulouse) &
Valentine FERRÉ (Virologie, Hôpital Bichat APHP, Paris)
Session 4 - Innovations du côté de la prévention et de la prise en charge
- Prise en charge des infections respiratoires virales en ville
Benoit VISSEAUX (CERBA) &
Clément MENIGOZ (Mérignac) - Vacciner contre les infections respiratoires pour éviter les surinfections bactériennes
Elisabeth BOTELHO-NEVERS (CHU Saint-Etienne) - Prévention vaccinale : innover dans les stratégies, nouvelles plateformes vaccinales
Odile LAUNAY (CIC Cochin-Pasteur, Paris)
Workshop - Bioinformatique et séquençage des virus respiratoires : analyser simplement les données NGS
Coordination : Hadrien REGUE, Richard CHALVIGNAC & Frédéric LEMOINE
Clôture du Symposium Grippe et Virus respiratoires
Session accessible seulement sur inscription spécifique préalable
Symposium Mycologie / Parasitologie
Salle F1/F2 - 1er étage
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Actualités en Parasitologie-Mycologie
Modérateurs : Grégory KARADJIAN & Françoise BOTTEREL
- « Qu’est ce qui m’a piqué docteur ? » Un algorithme très simple pour identifier le responsable
Pascal DELAUNAY (Nice) - Le paludisme : épidémiologie actuelle et nouveaux outils prophylactiques Marc THELLIER (Paris)
- Comment améliorer la qualité et l’interprétation des prélèvements pour les mycoses superficielles ?
Françoise FOULET (Créteil) - Spectrométrie Masse : Identification et surveillance des infections fongiques
Arnaud FEKKAR (Paris)
Espace Pluriel - RdCPause café
Changement climatique et Parasitologie-Mycologie
Modérateurs : Arnaud FEKKAR & Laurence DELHAES
- Changement climatique et pathogènes fongiques : à quoi s’attendre dans un contexte One Health ?
Françoise BOTTEREL (Créteil) - Les arthropodes vecteurs à l’heure des changements : des nouveaux envahisseurs aux portes de la France ?
Jorian PRUDHOMME (Reims) - Émergence de Candida auris : rôle de l’impact environnemental
Guillaume DESOUBEAUX (Tours) - Émergence de l’Angiostrongylose en Europe : impact de l’invasion des mollusques
Grégory KARADJIAN (Maisons-Alfort)
Congrès SFM Microbes 2025
Réunion des responsables de sections
Salle D1/D2 - 1er étage
Espace Pluriel - RdCDéjeuner des responsables de sections
Espace Pluriel - RdCAccueil des participants
Sessions plénières
Mot d’accueil de la Présidente
Amphi. A - RdC
Sonia BURREL - Présidente de la SFM
Conférence plénière
+-
Alain Blanchard
Descriptif à venir.
Modérateurs : Sabine PEREYRE & Éric OSWALD
Alain BLANCHARD (Université de Bordeaux)
- From genomics to synthetic biology, for a better control of mycoplasma infections
PAROLE aux industriels
Modérateurs : Sabine PEREYRE & Gérard LINA
Noul
Automatisation totale et intelligence artificielle : miLab révolutionne la microscopie du paludisme
Jack TAYLOR (Noul)
Illumina
Illumina MiSeq™ i100: rapidité et simplicité pour le séquençage en microbiologie
Aurélie NIMIRF (Illumina)
Nephrotek
FlashDx : PCR multiplexe en test unitaire
Julien MARIANI (Nephrotek)
Espace Pluriel - RdCPause café - Visite de l’exposition - Posters
Sessions plénières
AUDITION Prix de thèse
Amphi. A - RdC
Modératrices : Sonia BURREL & Valentine BERTI
- Evolutionary adaptation of pathogenic Leptospira to superoxide stress
Samuel HUETE (Biology of Spirochetes, Institut Pasteur, CNRS UMR 6047, Université Paris Cité, Paris, France) - Thioredoxin systems of Clostridioides difficile: physiological roles and potential therapeutic targets
Cyril ANJOU (Sorbonne Université Paris, France) - Étude du métabolisme du soufre chez la bactérie pathogène Mycobacterium tuberculosis lors de l'infection : de l'acquisition du soufre à la biosynthèse de cystéine en conditions de stress
Wendy LE MOUELLIC (CIRI, Lyon, France) - Protection strategies, controlled release and adhesion mechanisms of extremely-oxygen sensitive probiotics in the gastrointestinal tract
Thanh Truc PHUNG (UMR PAM, Institut Agro Dijon, Dijon, France) - Étude de la bactérie Cupriavidus necator pour une application spatiale en support vie : recyclage des déchets, alimentation et biopolymères
Pierre JORIS (INSA - TBI, Toulouse France) - Impact of bacterial biofilm adaptation to disinfectant biocides on antimicrobial resistance
Raphaël CHARRON (Anses, Javené, France)
Réseau MicroBio-NA
Modératrices : Sonia BURREL & Valentine BERTI
- MicroBio-NA : Le R3 de Microbiologie en Nouvelle-Aquitaine
Fabienne RAYNE (Université de Bordeaux)
Session PPR Antibiorésistance
+-
Évelyne JOUVIN-MARCHE
Descriptif à venir.
Modérateurs : Gérard LINA & Marion DUTKIEWICZ
Henri BOULLIER (Cnrs, IRISSO, Université Paris Dauphine - PSL)
- Pour une approche écologique de l’antibiorésistance à l’heure des transitions
Évelyne JOUVIN-MARCHE (Inserm, Institut Physiopathologie Métabolisme Nutrition, Paris)
- Bilan et nouvelles actions du Programme Prioritaires de Recherche sur l’Antibiorésistance
Changement de salle
Sessions parallèles
SP1 - Sécurité et sûreté biologiques +-
Salle D1/D2 - 1er étage
Retex sur les contraintes de sécurité et de sûreté biologiques des laboratoires en microbiologie
SP1 - Sécurité et sûreté biologiques
Retex sur les contraintes de sécurité et de sûreté biologiques des laboratoires en microbiologie
Dans cette session pourront être présentés tous les travaux relatifs aux questionnements réalisés pour mettre en place et maintenir les aspects pratiques de la sécurité et la sûreté biologiques dans les laboratoires de microbiologie (fondamental, médical, vétérinaire, phytopathogènes...). L’objectif de cette session est de présenter des retours d’expériences dans différents secteurs de la microbiologie pour faire progresser la sécurité globale dans un contexte réglementaire strict tout en restant pragmatique.
Modérateurs : Mathilde LESCAT & Sébastien ALLIX
- SP1-O.1 - Biosûreté et Biosécurité dans les laboratoires de Niveau de Sécurité Biologique de 2 à 4
Fabienne NEULAT-RIPOLL (Institut de Recherche Biomédicale des Armées, Brétigny-sur-Orge)
Communications orales courtes sélectionnées
- SP1-1 - La Plateforme Universitaire UB’L3, une structure permettant des expériences répondant à un haut niveau de sécurité et de sureté biologiques
Patricia RECORDON-PINSON (UBL3 TBMcore, Université de Bordeaux, Bordeaux, France) - SP1-2 - Évaluation de l’efficacité du désinfectant Contec ProChlor contre Burkholderia pseudomallei et Burkholderia mallei
Mégane GASQUÉ (LSAN-UZB, ANSES, Maisons-Alfort, France) - SP1-3 - Prise en charge d’un prélèvement positif à Francisella tularensis : RETEX biosureté
Coralie BOUCHIAT (Bactériologie - Biologie moléculaire, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France) - SP1-4 - Virucidal activity of antiseptics and disinfectants used in the medical area - Replacement of poliovirus in EN 14476 in the framework of the Global Polio Eradication Initiative
Nicolas CAPELLI (ACM Pharma Fonderephar, Toulouse, France)
SP2 - Modélisation / IA +-
Salle F1/F2 - 1er étage 
Mathematical modeling and novel quantitative approaches to characterize microbial dynamics
SP2 - Modélisation / IA
Mathematical modeling and novel quantitative approaches to characterize microbial dynamics
Descriptif à venir.
Chairs: Sophie JARRAUD & Céline BORDE
- SP2-O.1 - The population biology of pathogenicity of Escherichia coli
François BLANQUART (Collège de France, Paris)
Selected short oral presentations
- SP2-1 - Evaluation of Large Language Models for Predicting Antibiotic Sensitivities in UTI Patients: A Comparison with Real Observed Values Obtained from a Laboratory Epidemiological Tool Predi-ATB
Yohann MISSIAK (IA, CBM Inovie, Albi, France) - SP2-2 - Artificial Intelligence-Based Prediction of Antibiotic Susceptibility in Major Pathogens Isolated from Blood Cultures in Private Healthcare Facilities
Matthieu BERNIER (Laboratoire régional microbiologie Occitanie Ouest, INOVIE CBM, Muret, France) - SP2-3 - Understanding OsHV-1 µVar transmission dynamics in Pacific oysters through a mechanistic and stochastic SWEIRD Model
Jules TRILLAUD (Adaptation Santé des Invertébrés Marins, Ifremer, La Tremblade, France) - SP2-4 - Intégration des enjeux sanitaires dans l’Analyse du Cycle de Vie : développement d’un facteur de caractérisation spatialisé à l’échelle de la France pour Listeria monocytogenes
Pascal PIVETEAU (UR OPAALE, INRAE, Rennes, France)
SP3 - Microbiologie clinique +- Parcours formation continue - Session Qualiopi
Amphi. A - RdC
Maladies à transmissions vectorielles et zoonoses
(en association avec la SFP)
SP3 - Microbiologie clinique
Maladies à transmissions vectorielles et zoonoses
Descriptif à venir.
Modérateurs : Alban LE MONNIER & Marie-Frédérique LARTIGUE
- SP3-O.1 - Borréliose de Lyme et autres maladies vectorielles à tiques : quoi de neuf dans les recommandations ?
Benoit JAULHAC (Université de Strasbourg) - SP3-O.2 - Les vecteurs et le changement global
Jorian PRUDHOMME (ESCAPE, URCA, Reims)
Communications orales courtes sélectionnées
- SP3-1 - Métatranscriptomique et borrélioses : dépasser les limites diagnostiques chez les patients sous anti-CD20
Grégory DESTRAS (Institut des Agents Infectieux, Plateforme de séquençage, GenEPII, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France) - SP3-2 - Best-of des pièges diagnostiques de la sérologie Borréliose de Lyme
Emilie TALAGRAND-REBOUL (Laboratoire de Bactériologie et CNR des Borrelia, Hôpitaux universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France)
Salle E1/E2 - 1er étage
La microbiologie des produits fermentés entre tradition et modernité
La microbiologie des produits fermentés entre tradition et modernité
Si les boissons et les aliments fermentés existent depuis des millénaires et sont fortement associés à l'identité culturelle et gastronomique des régions productrices; ces dernières années, en lien avec la demande sociétale de naturalité et les transitions alimentaires, on constate un engouement pour les produits fermentés traditionnels mais également un développement de produits fermentés innovants. Ainsi, ces produits d'importance en nutrition humaine et de par leur poids économique évoluent entre tradition et modernité. Les écosystèmes microbiens associé à ces produits contiennent des microorganismes qui interagissent constamment et coévoluent. Dans ce contexte, il est primordial de comprendre comment ces microorganismes impactent la qualité et/ou la sécurité des produits finis, en particulier sur des matrices moins utilisées. Cette session s’ouvre donc à tous les travaux sur les produits fermentés, que ce soit des produits traditionnels ou innovants.
Modératrices : Monika COTON & Claire LE HÉNAFF LE MAREC
- SP4-O.1 - La microbiologie du vin : entre tradition et innovation
Pr Warren ALBERTIN (Université de Bordeaux)
Communications orales courtes sélectionnées
- SP4-1 - Evaluation of a microbiome engineering approach using lactic acid bacteria as bioprotective cultures to extend the shelf life of Gilthead Seabream (Sparus aurata) fillets
Sabrina MACÉ (Unité MASAE, Microbiologie Aliment Santé Environnement/Laboratoire EM3B, IFREMER, Nantes, France) - SP4-2 - Vers des stratégies de biopréservation : Exploration de la diversité et interactions des Pseudomonas altérants dans les produits laitiers
Darina COLCANAP (Laboratoire d’Ingénierie des Biomolécules (LIBio), Université de Lorraine, Vandoeuvre-lès-Nancy, France) - SP4-3 - Impact of a well-defined indigenous starter on microbial communities and technological properties of raw milk during backslopping practice
Christel COUDERC (Ecole d'Ingénieurs de Purpan, Toulouse, France) - SP4-4 - Exploiting bacterial biodiversity allows development of probiotic fermented vegetable foods for the prevention of IBD and IBS
Gwénaël JAN (STLO, INRAE, Rennes, France) - SP4-5 - Microbial transfers of traditional Saint-Nectaire PDO cheeses during cheese wiping under controlled conditions highlighted by omics method
Reshad FANTELLI (Laboratoire d’Analyses Spatiales et Temporelles des Expositions Chimiques, INRS, Nancy, France)
SP5 - Antimicrobiens +-
Amphi. C - RdC
Anti-resistance strategies: vectorization, adjuvants, inhibitors, antiplasmid
SP5 - Antimicrobiens
Anti-resistance strategies: vectorization, adjuvants, inhibitors, antiplasmid
This session will address the multiple strategies to potentiate antimicrobials available in the pharmacopoeia and escape resistance mechanisms or by restoring susceptibility. This may be vectorization to facilitate entry into the microorganisms, adjuvants, inhibitors or methods to eliminate resistance plasmids.
Chairs: Philippe GLASER & Valentine BERTI
- SP5-O.1 - Bacterial Iron Uptake Pathways: Unlocking Antibiotic Entry through Vectorization
Isabelle SCHALK (Université de Strasbourg - CNRS, Illkirch)
Selected short oral presentations
- SP5-1 - Innovative dual antimicrobials development to target MDR pathogens and limit the emergence of resistance: focus on the potential of a new target
Jérome WAGNER (ARN-UPR9002, CNRS, Strtasbourg, France) - SP5-2 - A thoughtful combination of Tequatrovirus/Vectrevirus bacteriophages allows mice gut decolonization of a multidrug-resistant ST131 Escherichia coli strain
Floriane LAUMAY (Equipe StaPath, CIRI, INSERM U1111 - CNRS UMR5308 - Université de Lyon 1 - ENS, Lyon, France) - SP5-3 - Antisense nucleolipid oligonucleotide used for the inhibition of extended-spectrum-β-lactamases in enterobacteria
Lisa SCILLIA (Laboratoire MFP UMR 5234 Equipe ARMYNE, Université de Bordeaux, Bordeaux, France) - SP5-4 - Preuve de concept : effet antibactérien des plasmas froids contre l’infection à Staphylococcus aureus dans un modèle murin de plaies aiguës
Mickaël RIOU (UE-1277 PFIE, INRAE, Nouzilly, France)
SP6 - Épidémiologie et génomique des populations +-
Salle H1/H2 - 1er étage
Recent taxonomic proposals for viruses and other microorganisms: why on Earth?
SP6 - Épidémiologie et génomique des populations
Recent taxonomic proposals for viruses and other microorganisms: why on Earth?
This english-speaking session aims to present contemporary approaches and changes in microbial taxonomy that impact diagnostic practice and epidemiological surveillance. The invited speaker will first present a novel proposal for the taxonomy of viruses, including the recent implementation of binomial Linnaean nomenclature for virus species. The session also aims to present contemporary approaches and changes in microbial taxonomy that impact diagnostic practice and epidemiological surveillance.
Chairs: Maxime PICHON & Corentine ALAUZET
- SP6-O.1 - Taxonomic updates of virus species: Linnean nomenclature and beyond
Peter SIMMONDS (University of Oxford, UK)
Selected short oral presentations
- SP6-1 - Life Identification Numbers: genome-based multilevel bacterial strain taxonomies
Sylvain BRISSE (BEBP Unit, Institut Pasteur, Paris, Fance) - SP6-2 - WGS in microbiology: how far can interpretation go regarding data quality issues?
Virginie CHESNAIS (SPAAD, ANSES, Maisons-Alfort, France) - SP6-3 - Beyond traditional taxonomic markers: A genomic approach to cyanobacterial taxonomy
Aniket SARAF (Collection of Cyanobacteria, Institut Pasteur, Paris, France) - SP6-4 - A quantitative approach of polymorphism in bacteria beyond synonymous/non-synonymous classification : impact of lifestyle in Escherichia coli/Shigella
Manolo MISCHLER (Institut Cochin, Paris, France)
Espace Pluriel - RdCApéritif de Bienvenue
09/09/2025