Atelier 4
4. Préparation des échantillons cellulaires pour le scRNAseq
Co-animateurs : Virginie Magnone (Valbonne), Julie Cazareth (Valbonne) et Pierre Grenot (Strasbourg)
Nombre de participants : 6 maximum.
Descriptif : les différents points seront discutés d’un point de vue théorique :
- Préambule : rappel de la technique de scRNAseq en gouttelettes ;
- Suspension cellulaire : dissociation à partir de culture in vitro, à partir de tissus ;
- Lyse des érythrocytes ;
- QC échantillon : comptage et évaluation de la viabilité et des doublets/agrégats ;
- Fixation et conservation des échantillons cellulaires ;
- Enrichissement préalable ;
- Tri cellulaire : marquages, tampons, temps de tri, pureté ;
- Émulsion.
Public : toute personne (technicien, ingénieur, étudiant, chercheur, médecin) répondant aux pré-requis ci-dessous.
Pré‐requis :
- Connaitre le principe de fonctionnement d’un trieur de cellules (et plus largement de la cytométrie en flux) ;
- Connaitre la méthodologie de « single cell RNA sequencing » en gouttelettes.
Modalités pratiques : de 14h à 17h, atelier en français en 3 temps
- Présentation théorique (cf. descriptif) ;
- Pratique : tri d’un échantillon par cytométrie, QC post-tri de l’échantillon, Émulsion ;
- Table ronde.
Objectifs :
- Connaître les points critiques des étapes de préparation des échantillons pour les expériences de « single cell RNA sequencing » ;
- Être capable d’évaluer la qualité de son échantillon avant la manip ;
- Détecter et résoudre les problèmes liés à la préparation de l’échantillon.