Jeudi 8 octobre - Matinée
Foyer Forum 2 & 3 - R-2Accueil des participants
Sessions parallèles
SP7 - Pathogénie microbienne +-
Virulence strategies of intracellular pathogens
SP7 - Pathogénie microbienne
Virulence strategies of intracellular pathogens
As the causative agents of infectious diseases, pathogens have been a major threat to human health and survival throughout our history. Among those intracellular, bacterial pathogens have caused a lot of harm. These pathogens have evolved surprising strategies to overcome the host defenses and have even evoleved to replicate in then immune cells that should degrade them. This session will thus the dynamic interplay between the host organism and the infective agent and the streategies they employ.
- SP7-O.1 - Proteomic interrogation of the Legionella-host interface
Abdelrahim ZOUED (Lyon)
+ Selected short oral presentations
- SP7-1 - Expanding the Yersinia-Containing Vacuole: Insights into Intracellular Trafficking and Virulence Activation
Josué R. BARQUERO-CHAVARRIA (Yersinia Research Unit, Microbiology Department, Institut Pasteur, Paris, France) - SP7-2 - SLAM family receptors: novel players in human plasmacytoid dendritic cell responses to intracellular bacteria
Joaquín PELLEGRINI (Inserm UMR1291 – CNRS UMR5051 - Université de Toulouse, Institut Toulousain des Maladies Infectieuses et Inflammatoires (Infinity), Toulouse, France) - SP7-3 - The bacterial effector LpDot1 triggers a unique methylation on SFPQ to hijack paraspeckles and alternative splicing
Sonia NICCHI (BBI, Institut Pasteur, Paris, France) - SP7-4 - Inside the Type VI Secretion System of the Intracellular Pathogen Francisella tularensis
Diane SOUSSAN (Inflammasomes, infections bactériennes et autoinflammation, Centre International de Recherche en Infectiologie, Lyon, France)
SP8 - Virologie +-
Métagénomique, métatranscriptomique en virologie : quoi de neuf ?
SP8 - Virologie
Métagénomique, métatranscriptomique en microbiologie : quoi de neuf ?
Une session pour faire le point sur les informations que nous apportent les données de métagénomique et métatranscriptomique en microbiologie pour le diagnostic des maladies infectieuses, mais aussi pour la compréhension des interactions inter-pathogènes et hôte-pathogène.
- SP8-O.1
Laurence JOSSET (Lyon)
+ Communications orales courtes sélectionnées
- SP8-1 - Identification de pneumotypes dans les détresses respiratoires aiguës des immunodéprimés par metatranscriptomique
Valentine POINOT (Plateforme de séquençage GenEPII, Institut des Agents Infectieux, HCL, Lyon, France) - SP8-2 - Longitudinal multi-kingdom gut microbiota dynamics after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation
Théo GHELFENSTEIN-FERREIRA (Micalis Institute, Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, Jouy-en-Josas, France) - SP8-3 - Évaluation d’un protocole de métagénomique par capture avec enrichissement viral spécifique dans le diagnostic étiologique de syndromes fébriles suite à un voyage en zone intertropicale
Charlène COQUISART (Service de Virologie, AP-HP, Hôpital Bichat-Claude Bernard, F-75018 Paris, France) - SP8-4 - Détection de Human pegivirus par métagénomique clinique : association aux tableaux neurologiques et suspicion clinique
Sonia LACOURT (Département de microbiologie clinique, Hôpital Necker - Enfants Malades, APHP Centre, Paris, France)
SP9 - Microbiologie clinique +- Parcours formation continue - Session Qualiopi
Détection des facteurs de virulence en diagnostic
SP9 - Microbiologie clinique
Détection des facteurs de virulence en diagnostic
Les connaissances sur les facteurs de virulence des agents infectieux se renforcent : est-ce que leur détection peut guider le traitement ?
- SP9-O.1 - Beyond gene presence, expression matters in S.aureus virulence factors
François VANDENESCH (Lyon)
+ Communications orales courtes sélectionnées
- SP9-1 - Émergence d’infections invasives à Fusobacterium necrophorum en France : enquête nationale multicentrique 2016–2025
Marlène AMARA (CNR bactéries anaérobies et botulisme, Institut Pasteur, Paris, France) - SP9-2 - Quand la quantité de toxine ne fait pas tout : étude protéomique de la PVL et des exfoliatines chez Staphylococcus aureus
Sarah ZOUAGHI (Centre National de Référence des Staphylocoques, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France) - SP9-3 - Identification rapide et fiable des espèces du genre Yersinia et de leur potentiel pathogène par MALDI-TOF MS et Machine Learning
Cyril SAVIN (Unité de Recherche Yersinia, CNR peste et autres yersinioses, Institut Pasteur, Université de Paris Cité, Paris, France) - SP9-4 - Integrating AI in Resource-Limited Settings: designing a thinking microscope in the perspective of frugal science
Pierre MARCOUX (LETI, DTIS, L4IV, Univ. Grenoble Alpes, CEA, Grenoble, France)
SP10 - Biotechnologies microbiennes +-
Microorganismes et biotechnologies : compréhension des systèmes naturels, solutions basées sur la nature et ingénierie des procédés
(en association avec FFBiotech)
SP10 - Biotechnologies microbiennes
Microorganismes et biotechnologies : compréhension des systèmes naturels, solutions basées sur la nature et ingénierie des procédés
Cette session abordera les recherches impliquant les biotechnologies telles que définies par la section Biotechnologie de la SFM. Elle couvre la mise en œuvre de microorganismes — souches uniques, naturelles ou génétiquement modifiées, ainsi que consortia microbiens naturels ou synthétiques — en bioréacteur, dans des objectifs de production de métabolites d’intérêt et/ou de biomasses microbiennes, ainsi que de traitements et de valorisations de déchets, de co-produits et de bioressources résiduaires. La diversité microbienne, sa remarquable plasticité métabolique et la maîtrise des stratégies de conduite des bioréacteurs permettent aux Biotechnologies de proposer des solutions innovantes face aux grands enjeux sociétaux.
- SP10-O.1 - Leveraging high-resolution DNA sequencing and AI-based bioinformatics to identify next-generation biosolutions from soil microbiome for sustainable agriculture
Sandrine CLAUS (Starfish Bioscience, Bordeaux)
+ Communications orales courtes sélectionnées
- SP10-1 - Preservation-Induced Selection in Microbial Communities: Time Matters More than Cryoprotectants in Cathodic Microbiomes
Louise RIGAUD (PROSE, INRAE, Antony, France) - SP10-2 - Harnessing the metabolic versatility of a bacterial microcompartment
Denis JALLET (Toulouse Biotechnology Institute, Toulouse, France) - SP10-3 - Caractérisation des dynamiques morphologiques et métaboliques de Rhizopus oryzae en conditions de culture oxydatives par acquisition de données à haut débit
Tifanie JULY (Equipe TIM, Toulouse Biotechnology Institute, Toulouse, France) - SP10-4 - Thermodynamic gamblers: why warming favours microbes that release CO₂ over those that fix it
Théodore BOUCHEZ (PROSE, INRAE, Antony, FRANCE) - SP10-5 - Influence of Wastewater on the Cultivation and Metabolism of Anoxygenic Purple Sulfur Bacteria for H2S removal And CO2 sequestration
Todor RUZIC (Toulouse Biotechnology Institute, L’Institut national des sciences appliquées de Toulouse, Toulouse, France)
SP11 - Mycologie +-
Apport des outils moléculaires dans le diagnostic de routine de mycologie
(en association avec la SFMM)
SP11 - Mycologie
Apport des outils moléculaires dans le diagnostic de routine de mycologie
L’essor des approches moléculaires basées sur la PCR, qu'elle soit ciblée, multiplexée ou associée à des tests syndromiques en panels, a profondément modifié les stratégies diagnostiques, en particulier pour le dépistage, le diagnostic précoce et l’orientation thérapeutique des maladies infectieuses. Cette session fera le point sur la place actuelle des différents outils PCR en mycologie de routine, leurs performances, leurs indications cliniques et leurs limites, en se concentrant sur des techniques aujourd’hui accessibles aux laboratoires hospitaliers et privés.
Des interventions portant sur la PCR Aspergillus/Mucorales ou les kits PCR dermatophytes viendront compléter les deux conférences invitées adressant la PCR de dépistage de Candidozyma (syn. Candida) auris et la place des tests syndromiques en cassette.
- SP11-O.1 - Rôle et performances diagnostiques de la PCR dans le screening de Candida auris
Alexandre ALANIO (AP-HP Groupe Hospitalier Saint-Louis, Paris) - SP11-O.2 - Intérêt des tests syndromiques en cassettes dans le contexte des infections fongiques invasives
Estelle PERRAUD (CHU de Poitiers)
+ Communications orales courtes sélectionnées
- SP11-1 - Whole genome sequencing en routine de mycologie : développement d'un pipeline bioinformatique automatisé pour la recherche des marqueurs moléculaires de résistance
Elise RECALT (Unité de Parasitologie-Mycologie, Hôpital Necker-Enfants Malades, PARIS, France) - SP11-2 - Détection moléculaire des dermatophytes et des mutations de résistance à la terbinafine de Guyane française : identification d’un cluster familial de Trichophyton rubrum résistant
Manon CADEAU (Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Centre Hospitalier Andrée-Rosemon, Cayenne, Guyane française)
SP12 - Epidémiologie et génomique des populations
+-
Plasmid-mediated antibiotic resistance: from molecular mechanisms to hospital epidemiology (in
association with SF2H)
SP12 - Epidémiologie et génomique des populations
Plasmid-mediated antibiotic resistance: from molecular mechanisms to hospital epidemiology
This session explores the central role of plasmids in bacterial homeostasis and in the spread of antibiotic resistance genes, linking fundamental molecular mechanisms and clinical issues.
- SP12-O.1 - Fundamental and practical aspects of bacterial conjugation in antimicrobial resistance
Christian LESTERLIN (IBCP, Lyon) - SP12-O.2 - Managing Hospital Outbreaks of Multidrug-Resistant Bacteria: How Critical Is Plasmid-Mediated Transmission?
Laurence ARMAND-LEFEVRE (CHU Bichat - Claude Bernard APHP, Paris)
+ Selected short oral presentations
- SP12-1 - Environmental Reservoirs of Colistin Resistance: Genomic Insights into mcr-1.1-Harboring Multidrug-Resistant Escherichia coli from Irrigation Water in Lebanon
Souad FAYAD (Team 'RESIST', UMRS1184, IDMIT, Université Paris-Saclay, Inserm, CEA, Le Kremlin-Bicêtre, France) - SP12-2 - Transmission dynamics of carbapenemase-producing bacteria and mobile genetic elements between hospital and household settings in Benin
Kevin SINTONDJI (URMAPha, Université d'Abomey Calavi, Abomey-Calavi, Bénin) - SP12-3 - Chromosomal co-integration of blaCTX-M and resistance genes drives ESBL stabilization in E. coli from Africa
Valentine BERTI (Université Paris Cité and Université Paris Sorbonne Paris Nord, INSERM, IAME, Paris, France)
Forum 2 & 3 - R-2Pause café - Visite de l’exposition - Posters
Sessions plénières
Présentation de l’Association Française des Techniciens de Laboratoire Médical
-
Edwige CAROFF (Présidente de l’AFTLM) & Myriam DELVIGNE (Présidente du CNPTLM)
Conférence plénière
+-
Christina HAZARD
Viruses infect all microorganisms and play significant roles in biogeochemical cycles by lysing active cells and reshaping host metabolism. Yet in soils, one of the most physically heterogeneous and biologically diverse habitats on Earth, the virosphere remains poorly understood. This knowledge gap reflects both the extraordinary complexity of soil ecosystems and the technical challenges of resolving virus–host interactions in situ. In this talk, I will highlight these challenges alongside recent methodological and conceptual advances, showing how a focus on discrete, microbially-mediated biogeochemical processes provides a powerful framework for illuminating soil virus–host dynamics. Finally, I will discuss how this emerging understanding may enable innovative, virus-informed strategies to mitigate the impacts of climate change.
Christina HAZARD (Université Claude Bernard Lyon 1, Villeurbanne)
- Unearthing the soil virosphere: Implications for biogeochemical cycling and climate change
SYMPOSIUM
Cepheid
PAROLE aux industriels
Changement de salle
Sessions parallèles
SP13 - Session Histoire
+-
SP13 - Session Histoire
Jean FRENEY
Descriptif à venir.
Jean FRENEY (Lyon)
- SP13-O.1 - Ernest Duchesne : l’homme qui découvrit la pénicilline à Lyon… trop tôt !
+-
SP13 - Session Histoire
Catherine JESSUS
Descriptif à venir.
Catherine JESSUS (IBPS, Sorbonne Université, Paris)
- SP13-O.2 - Edouard Chatton et les protistes
SP14 - Session Prix posters Jeunes Microbiologistes
Communications posters sélectionnées
SP15 - Bon usage des tests diagnostiques +-
Bien prescrire, bien faire et bien interpréter
(en association avec la SFM et la SPILF)
SP15 - Bon usage des tests diagnostiques
Bien prescrire, bien faire et bien interpréter
Cette session thématique sera consacrée au Bon Usage des tests Diagnostiques (BUD), envisagé comme un levier essentiel du bon usage des anti‑infectieux et d’une prise en charge optimisée des patients tout au long de leur parcours de soins. Elle mettra en lumière l’importance d’une action étroitement coordonnée entre infectiologues et microbiologistes, depuis la prescription raisonnée des examens jusqu’à leur interprétation clinique.
Un microbiologiste abordera les aspects techniques et analytiques des tests diagnostiques en microbiologie, en insistant sur leurs performances, leurs limites et les exigences de qualité à chaque étape du processus diagnostique.
L’accent sera mis sur la nécessité d’un dialogue clinico‑biologique étroit pour garantir la pertinence des examens réalisés et la juste interprétation des résultats.
En écho, un infectiologue apportera une lecture clinique des résultats microbiologiques, centrée sur leur impact direct sur la prise en charge des patients, notamment en termes d’antibiothérapie épargnée quand injustifié, d’adaptation thérapeutiques rapides et de parcours de soins appropriés.
À travers ces regards croisés, la session soulignera le rôle clé du bon usage des tests diagnostiques pour éviter les prescriptions inutiles, optimiser les ressources et contribuer efficacement à la lutte contre l’antibiorésistance.
Elle s’achèvera par un temps d’échanges interactifs autour de cas pratiques et de retours d’expérience, favorisant le partage des pratiques entre intervenants et participants.
- SP15-O.1 - Point de vue du microbiologiste
Assaf MIZRAHI (Groupe Hospitalier Paris Saint Joseph, Paris) - SP15-O.2 - Point de vue de l’infectiologue
Beatrice ROSOLEN (CHU de Besançon)
Forum 2 & 3 - R-2Déjeuner - Visite de l’exposition - Posters
03/04/2026