SFM 2026

SP20 - Antimicrobiens

How studying antimicrobial modes of action and resistance raises fundamental questions in microbiology and the other way round

The study of antimicrobial modes of action and resistance mechanisms directly interrogates fundamental processes of microbial cell biology. This session aims to explore these interactions addressing these questions at the molecular, cellular, and evolutionary levels, and encourages studies linking mechanistic insights with core microbiological concepts.

SP26 - Antimicrobiens

Antimicrobial dissemination: horizontal gene transfer & mobile genetic elements

The dissemination of antimicrobial resistance relies on DNA exchanges within bacterial communities through horizontal gene transfer. Mobile genetic elements act as molecular vehicles that enable resistance genes to rapidly spread across species and environments. Understanding how these elements and the mechanisms controlling DNA transfer and acquisition operate is key to explaining—and ultimately limiting—the global spread of antimicrobial resistance.

SP32 - Antimicrobiens

New antimicrobial strategies

It is well established that bacteria can develop resistance to antibiotics, which represents a major and growing public health concern. A key policy to reverse this trend is to restrict the indiscriminate use of antibiotics. However, the emergence of resistant microbes is inevitable. Therefore, it is essential to continually develop new strategies and antimicrobial compounds. The purpose of this session is to present some ongoing efforts to identify potential new strategies. It will also highlight the molecular aspects of the promising cellular processes that could be targeted.

SP38 - Antimicrobiens

Emergence and transmission of antimicrobial resistance in environmental ecosystems

This session will feature oral presentations and posters on the emergence and transmission of antimicrobial resistance in environmental ecosystems. Topics covered will include environmental hotspots of resistance, selective pressures such as antibiotics and co-contaminants, horizontal gene transfer, resistome analysis using molecular tools, impacts of wastewater treatment, transmission pathways, modeling approaches, and mitigation strategies targeting environmental sources.

SP34 - Biodiversité et évolution

Diversity and evolution of mobile genetic elements and their interactions

Mobile genetic elements are ubiquitous drivers of microbial evolution. Recent discoveries have revealed an unexpected diversity beyond classical phages and plasmids, including phage-plasmids, satellites, and other hybrid elements. This session will explore how we identify and classify these entities, and how their interactions in cellulo shape genomes and microbial communities.

SP4 - Biotechnologies microbiennes

Microbial biocontrol: innovative antimicrobial strategies and biotechnological applications

This session will highlight recent advances in microbial biocontrol for sustainable crop protection and plant health. It will focus on innovative antimicrobial strategies based on beneficial microorganisms and their metabolites to control plant pathogens, reduce chemical inputs and stimulate induced systemic resistance. Presentations will address mechanistic insights, factors influencing their effectiveness, microbial engineering and bioprocess optimization enabling the development of next-generation biocontrol solutions. Particular emphasis will be placed on field-relevant applications.

SP10 - Biotechnologies microbiennes

Microorganismes et biotechnologies : compréhension des systèmes naturels, solutions basées sur la nature et ingénierie des procédés

Cette session abordera les recherches impliquant les biotechnologies telles que définies par la section Biotechnologie de la SFM. Elle couvre la mise en œuvre de microorganismes — souches uniques, naturelles ou génétiquement modifiées, ainsi que consortia microbiens naturels ou synthétiques — en bioréacteur, dans des objectifs de production de métabolites d’intérêt et/ou de biomasses microbiennes, ainsi que de traitements et de valorisations de déchets, de co-produits et de bioressources résiduaires.
La diversité microbienne, sa remarquable plasticité métabolique et la maîtrise des stratégies de conduite des bioréacteurs permettent aux Biotechnologies de proposer des solutions innovantes face aux grands enjeux sociétaux.

SP19 - Biotechnologies microbiennes

Les architectes invisibles du cycle de l’azote : dynamiques microbiennes, flux de matière et applications biotechnologiques

Cette session explore le rôle central des micro-organismes dans le cycle de l’azote, en articulant dynamiques écologiques, flux de matière et enjeux fonctionnels. Elle mettra en regard des approches fondamentales et appliquées, des sols aux systèmes biotechnologiques. L’objectif est de relier organisation des communautés microbiennes, contraintes environnementales et performances de transformation de l’azote. La session s’inscrit à l’interface entre écologie microbienne et biotechnologies environnementales.

SP12 - Epidémiologie et génomique des populations

Plasmid-mediated antibiotic resistance: from molecular mechanisms to hospital epidemiology

This session explores the central role of plasmids in bacterial homeostasis and in the spread of antibiotic resistance genes, linking fundamental molecular mechanisms and clinical issues.

SP3 - Innovations pédagogiques

Retours d'expérience d'enseignements innovants

Cette session a pour but de présenter des travaux de retours d'expérience d'enseignements innovants en Microbiologie (outils ou techniques d'enseignements).

SP6 - Jeunes microbiologistes

"Microbiocène" : vers une microbiologie durable à l'ère de l'anthropocène

L'anthropocène correspond à l'époque géologique actuelle, où les activités humaines représentent la principale force de changement sur Terre. Dans le cadre de la microbiologie, autant fondamentale que clinique, nos activités ont également un impact sur l'environnement. Comprendre l'origine de ces impacts, sur nos émissions de carbone notamment dues à l'utilisation croissante de l'IA, mais aussi sur l'antibiorésistance, est fondamental pour identifier des leviers d'action.

SP9 - Microbiologie clinique

Quand les microbiotes impactent notre santé

Dans cette session pourront être soumis les travaux portant sur les microbiotes humains et plus particulièrement sur l'axe intestin-cerveau et les pathologies neuropsychiatriques associées à une dysbiose intestinale.

SP18 - Microbiologie clinique

Détection des facteurs de virulence en diagnostic

Les connaissances sur les facteurs de virulence des agents infectieux se renforcent: est-ce que leur détection peut guider le traitement ?

SP24 - Microbiologie clinique

IST et dysbiose

Cette session s’intéresse à toutes les nouveautés épidémiologiques, diagnostiques, de résistance ou de traitement concernant les infections sexuellement transmissibles bactériennes, virales ou parasitaires et le microbiote ou les dysbioses génitales.

SP30 - Microbiologie clinique

"Nouveaux" outils pour le diagnostic et interprétation des données

Cette session s'intéresse à toutes les applications diagnostiques, de résistance, épidémiologiques, d'identification de pathogènes, de compréhension des infections utilisant les approches NGS et notamment amplicons-NGS.

SP36 - Microbiologie clinique

Quoi de neuf dans le diagnostic des infections ostéo-articulaires ?

Cette session porte sur l'épidémiologie des infections ostéo-articulaires, le bon usage des tests diagnostics et leurs traitements.

SP25 - Microbiologie des aliments

Sécurité microbiologique des aliments dans le contexte du One Health

Dans cette session pourront être soumis tous travaux portant sur les agents responsables de maladies infectieuses, toxiniques et infestations parasitaires transmises par les aliments, l'antibiorésistance, ainsi que sur l'impact du changement climatique sur les dangers biologiques. Les aliments contaminés par des agents pathogènes demeurent une source majeure de transmission de nombreuses maladies zoonotiques. Le contrôle des systèmes alimentaires doit désormais s’inscrire dans une approche One Health, intégrant la santé animale, humaine et environnementale. Les contributions attendues pourront concerner l’ensemble des étapes de la chaîne alimentaire et viser à mieux comprendre les interactions entre les agents pathogènes et la complexité des systèmes et matrices alimentaires.

SP31 - Microbiologie des aliments

Food microorganisms: resistant or tolerant?

This session is open to all studies related to the effect of antimicrobials (antibiotics, biocides, etc.) on food microorganisms, as well as their use in food production.

SP37 - Microbiologie des aliments

Interactions au sein des communautés microbiennes: y'a de l'action !

Cette session s’ouvre à des travaux portant sur les écosystèmes microbiens alimentaires et sur les interactions biotiques entre espèces, qui jouent un rôle clé dans leurs assemblages. Les micro-organismes interagissent constamment et co-évoluent au sein de leur environnement contribuant ainsi à l’assemblage de ces communautés microbiennes. Dans ce contexte, il est d’intérêt de mieux comprendre comment ces microorganismes interagissent ainqi que leurs rôles et leurs impacts positifs.

SP21 - Microbiologie durable

Changement climatique : de la vulnérabilités des écosystèmes à celle des systèmes de santé

Le changement climatique modifie les dynamiques microbiennes et expose à de nouvelles vulnérabilités les établissements de santé et les industries de la santé. L’émergence de pathogènes, la pression sur les résistances aux anti-infectieux, la fragilisation des infrastructures et des chaînes de production : les risques sanitaires s’intensifient. Cette session vise à identifier ces vulnérabilités systémiques et à proposer des stratégies d’adaptation pour renforcer la résilience des systèmes de soins et de production face aux pressions climatiques.

SP27 - Environnement

Air and space microbiology

This session will be broadly dedicated to fundamental and practical aspects of air and space microbiology. This can cover a wide range of microbiological areas such as aerial dissemination of microbes and genes (e.g. through aerosols for instance), as well as the air and space microbiomes, or even the physiological aspects of microbes transiting in such environmental compartments.

SP33 - Environnement

One health

The "One Health" session of Environmental Microbiology aims to address all aspects linking microorganisms to human, animal, and environmental health. This includes mechanisms shared across all living systems that facilitate the transfer of microorganisms, for example, from humans to animals in the case of zoonoses. It also includes those that, conversely, enable comprehensive control over microorganisms, such as innate immunity.

SP39 - Environnement

Microbial dynamics in urban ecosystems

Urban environments represent rapidly expanding ecosystems where microorganisms play essential yet underexplored ecological and functional roles. This session aims to bring together researchers investigating microbial ecology, diversity, dynamics and functions across urban habitats, from built environments to urban waters and atmosphere. By integrating ecological, environmental and health perspectives, the session will highlight how microorganisms contribute to urban ecosystem functioning, adaptation, resistance and/or resilience in the Anthropocene era.

SP35 - Modelisation / IA

Integrating AI and models to elucidate infectious and microbial dynamics

This session aims to bring together researchers at the interface of biology and quantitative sciences to explore how modeling and artificial intelligence advance our understanding of infectious and microbial systems. It welcomes contributions from virology, immunology, microbiology, mathematics, and systems biology, addressing the dynamics of pathogens and microbial communities across scales, from within-host processes to population-level epidemics, with a particular focus on the integration of data, mechanistic models, and artificial intelligence and machine learning methods.

SP5 - Mycologie

Les champigons à l’épreuve des enjeux climatiques : adaptations fongiques et stratégies des extrêmophiles

Le réchauffement climatique bouleverse la répartition et la dynamique des champignons dans tous les écosystèmes. Les espèces fongiques déploient des stratégies adaptatives complexes pour survivre et se développer dans des conditions thermiques, hygrométriques et chimiques difficiles. Comprendre ces mécanismes permet d’anticiper les impacts écologiques et sanitaires, notamment en matière de pathogénicité émergente et de résistance aux antifongiques. Dans ce contexte, les champignons extrêmophiles, capables de prospérer dans des environnements particulièrement hostiles - sources hydrothermales, zones arides, substrats fortement acides ou hypersalins – sont autant de modèles pour étudier la plasticité physiologique et génétique fongique. Leur étude éclaire les limites de la vie eucaryote et fournit des perspectives de recherche sur l’adaptation des champignons pathogènes aux nouvelles pressions environnementales.

Cette session thématique abordera tout à la fois

• Les mécanismes cellulaires et moléculaires sous-jacents aux différentes formes de tolérances (thermotolérance, halorésistance…)
• Les capacités de plasticité génétique et écologique des agents fongiques
• L’émergence potentielle de pathogènes fongiques dans un contexte de réchauffement global
• Les modèles extrêmophiles et l’évolution rapide des populations fongiques
• Les implications pour la santé humaine et animale, la sécurité alimentaire et la surveillance environnementale

SP11 - Mycologie

Apport des outils moléculaires dans le diagnostic de routine de mycologie

L’essor des approches moléculaires basées sur la PCR, qu'elle soit ciblée, multiplexée ou associée à des tests syndromiques en panels, a profondément modifié les stratégies diagnostiques, en particulier pour le dépistage, le diagnostic précoce et l’orientation thérapeutique des maladies infectieuses. Cette session fera le point sur la place actuelle des différents outils PCR en mycologie de routine, leurs performances, leurs indications cliniques et leurs limites, en se concentrant sur des techniques aujourd’hui accessibles aux laboratoires hospitaliers et privés.

Des interventions portant sur la PCR Aspergillus/Mucorales ou les kits PCR dermatophytes viendront compléter les deux conférences invitées adressant la PCR de dépistage de Candidozyma (syn. Candida) auris et la place des tests syndromiques en cassette.

SP1 - Pathogénie microbienne

Plant pathogens and environmental constraints

Recent data show that the regulation of virulence factor production and metabolism are interconnected, and that when infecting animal and plant hosts, pathogenic bacteria tend to use similar factors and mechanisms to control their expression. Furthermore, changing environmental conditions impose adaptation constraints on these pathogens, meaning they must evolve in order to survive. The invited talk will focus on Ralstonia solanacearum, the bacterium that causes a lethal bacterial wilt disease with a very wide host range. The exceptional adaptability of this pathogen is demonstrated by the frequent emergence of strains with enhanced pathogenic properties in agricultural fields, which puts pressure on production. Various studies using evolutionary experiments, functional genomics and transcriptomics demonstrate that master regulators are prime targets for mutations or epimutations during adaptation, inducing global rewiring of virulence and metabolism regulatory pathways. These genomic or epigenomic modifications can induce phenotypic heterogeneity in populations, a crucial adaptive strategy in pathogens to cope with the spatially heterogeneous environments of their host. Integrating the various processes involved in pathogen adaptation is essential for developing rational plant protection strategies. This is a prerequisite for reconciling environmental constraints with food production.

SP7 - Pathogénie microbienne

Virulence strategies of intracellular pathogens

As the causative agents of infectious diseases, pathogens have been a major threat to human health and survival throughout our history. Among those intracellular, bacterial pathogens have caused a lot of harm. These pathogens have evolved surprising strategies to overcome the host defenses and have even evoleved to replicate in then immune cells that should degrade them. This session will thus the dynamic interplay between the host organism and the infective agent and the streategies they employ.

SP16 - Pathogénie microbienne

Eating to survive: metabolism, immunity, and microbial pathogenesis

The ability to acquire, sense, and utilize nutrients is fundamental to life, and at the heart of the constant struggle between hosts and microbes. Far from being a passive background process, metabolism actively shapes immune cell function, inflammatory responses, and the strategies used by pathogens to survive and proliferate. In recent years, the field of immunometabolism has revealed that metabolic pathways are tightly integrated with immune signaling, controlling everything from cell fate decisions to antimicrobial defenses. At the same time, pathogenic microorganisms have evolved sophisticated mechanisms to hijack host nutrients, rewire metabolic circuits, and adapt to hostile environments. This metabolic tug-of-war plays a decisive role in infection outcomes, influencing pathogen virulence, immune evasion, and tissue damage. Understanding how metabolism links host immunity and microbial pathogenesis is therefore essential for developing new therapeutic strategies. This session brings together researchers interested in the dynamic interplay between nutrient availability, immune responses, and microbial survival. We will explore how metabolic reprogramming governs immune cell activation, how microbes exploit or manipulate host metabolic resources, and how these interactions shape disease progression.

SP22 - Pathogénie microbienne

Microbial resilience: evolutionary strategies of pathogens under stress

Pathogens, like bacteria, fungi, viruses, and parasites, possess a variety of mechanisms that allow them to thrive even in the face of stressors like temperature shifts, antimicrobial agents, nutrient scarcity, oxidative stress, and immune responses.Understanding the emergence, transmission and maintenance of genetic lineages of pathogenic bacteria and their role in infectious diseases. General microbial ecology and evolution, by combining advanced statistical methods with large-scale genome sequencing and experiments to advance understanding about the drivers of success in bacterial populations.

SP28 - Pathogénie microbienne

Inherited heterogeneity in pathogenic bacteria

Inherited heterogeneity in pathogenic bacteria is crucial for their survival and ability to cause infection, as it allows them to adapt to fluctuating environments and evade the host immune system, with strategies such as immune evasion through surface structure alterations, division of labor among cells for different functions like growth or biofilm formation, bet-hedging to ensure some cells survive under stress, and the ability to colonize different surfaces in the host, all of which contribute to their persistence and pathogenicity, and these mechanisms of phenotypic inheritance include phase variation through DNA inversion, DNA methylation to regulate virulence gene expression, and positive feedback loops that reinforce the stable expression of certain traits, ensuring bacterial populations can thrive under selective pressures and maintain infection over time.

SP2 - Virologie fondamentale

"Exotic" and dangerous viruses

This session will focus on diseases linked to “exotic viruses” that no longer recognize borders and whose presence in humans has intensified in recent years. This session will also provide a better understanding of the vectors responsible for spreading these diseases and the various tools developed for field approaches. These vectors take advantage of human mobility, rising temperatures, and changes in our habitats to expand their own. Do not be afraid to come and learn about new epidemic threats and understand the means being considered for prevention and control!

SP8 - Virologie

Métagénomique, métatranscriptomique en microbiologie : quoi de neuf ?

Une session pour faire le point sur les informations que nous apportent les données de métagénomique et métatranscriptomique en microbiologie pour le diagnostic des maladies infectieuses, mais aussi pour la compréhension des interactions inter-pathogènes et hôte-pathogène.

SP17 - Virologie

Latent infections and neurological diseases

This session will highlight the role of latent or persistent infections in neurological or neurodegenerative diseases. The session will include presentations covering both epidemiological and clinical analyses, as well as in vitro studies aimed at understanding the underlying mechanisms and potential interventions.

SP23 - Virologie fondamentale et clinique

Viruses, innovative tools for health

A session that takes a step aside to focus on the use of viruses (including phages) and host-virus interactions to develop innovative strategies in vaccinology, anti-tumor therapeutics and anti-infectious therapies.

SP29 - Virologie clinique

Epidémies mondiales et nationales : quand les agents infectieux sont toujours bien présents !

Descriptif à venir.